Como outros afirmaram, o problema mais provável é a falta de algumas variáveis de ambiente. Se não é isso, a outra possibilidade que consigo pensar é: você tem certeza de que o trabalho leva apenas de 1 a 2 minutos? se for preciso > 10 (seu intervalo para reaparecer), você pode acabar com várias execuções tentando modificar os mesmos arquivos, o que poderia causar alguns dos danos que você mencionou.
A depuração do cron é sempre ... divertida. primeiro, verifique o email do root nesse sistema; se o cron job colocar qualquer coisa no stdout, ele deve estar lá. Se nada de útil aparecesse lá, você pode fazer algo aparecer colocando alguma saída de depuração em seu script.