Eu costumo ser um pouco conservador sobre a criação de PCs do zero. Isso pode acabar sendo mais caro do que comprar, e eu gosto da ideia de ter uma máquina básica que muitas pessoas têm (então a MS provavelmente testará coisas sobre ela) e uma garantia.
Para esse fim, geralmente uso a linha Dell Optiplex.
O caso. Embora você tenha dito um pequeno fator de forma, eu realmente encorajo você a não fazer isso e ir com uma pequena torre regular. Quando ficam muito pequenos, você acaba com muitas peças proprietárias que são caras de substituir e também limitam sua futura expansão.
Base PC. Portanto, eu recomendaria o Dell Optiplex 760 com a "mini torre". Obtê-lo com o mínimo que vai deixar você pedir (eles geralmente têm "Dell Deals", que são uma boa mistura de preço / desempenho), e obter sua memória RAM adicional e discos rígidos de NewEgg. Max a RAM do Newegg. Esta máquina vai até 8 GB, o que deve ser bom.
CPU. Normalmente, uso o processador "recomendado" da Dell ou o que tem o melhor mix de preço / desempenho. Eu acho que a RAM é mais uma limitação do que a CPU na minha VM, então você deve estar bem com um Core 2 Duo E8400 (3 Ghz / 6M).
Drives. Não parece que as necessidades do seu disco rígido são tão extremas, mas o que é divertido ter um novo PC sem algo brilhante? Se você tem o dinheiro, faça um splurge para duas unidades 10K RPM VelociRaptor e jogue-as em um RAID 0 matriz (ter um bom backup externo SATA HD e backup claro). Você notará a diferença de velocidade e você merece :-). Se você puder pagar, use uma grande matriz Flash, mas acho que os VelociRaptors são um bom mix de preço / desempenho.
Sistema operacional. Acesse o Windows 2008 Server com o Hyper-V. Isso é caro, então veja se você pode obtê-lo através do MSDN ou algo assim. Caso contrário, vá para o Windows 7 x64 eu acho (certifique-se de que é compatível com o seu software de virtualização em primeiro lugar).
Fator de ruído. Os Optiplexes são bastante silenciosos, mas uma vez que você o consiga, se não gostar do ruído, poderá trocar o ventilador da cpu por um sistema de refrigeração líquida. Os VelociRaptors não são muito silenciosos, então se isso é um grande problema, você pode querer procurar por SSDs.
Divirta-se!