Você pode alterar o tamanho do seu disco raiz (desde que seja uma instância com suporte do EBS) conforme descrito aqui: link Eu sugeriria testar isso em uma instância descartável primeiro ...
A melhor (e mais fácil) opção é dar o espaço desejado no lançamento da instância - veja o parâmetro --block-device na chamada de inicialização: link