rdiff-backup
Você já deu uma olhada no rdiff-backup?
Nós o usamos para sincronizar mais de 4 milhões de arquivos de um servidor de arquivos do Ubuntu para outro sem nenhum problema. Um recurso muito interessante do rdiff-backup é que ele mantém uma cópia espelhada e uma cópia diferencial (você pode configurar o conjunto por quanto tempo). Isso é útil quando você faz backup de coisas como código-fonte, imagens que mudam, etc., já que você sempre pode restaurar o arquivo para um ponto no tempo.
Esta é a descrição do site deles:
rdiff-backup backs up one directory to another, possibly over a network. The target directory ends up a copy of the source directory, but extra reverse diffs are stored in a special subdirectory of that target directory, so you can still recover files lost some time ago. The idea is to combine the best features of a mirror and an incremental backup. rdiff-backup also preserves subdirectories, hard links, dev files, permissions, uid/gid ownership, modification times, extended attributes, acls, and resource forks. Also, rdiff-backup can operate in a bandwidth efficient manner over a pipe, like rsync. Thus you can use rdiff-backup and ssh to securely back a hard drive up to a remote location, and only the differences will be transmitted. Finally, rdiff-backup is easy to use and settings have sensical defaults.
rsync
Minha segunda opção seria o rsync e um cron job definido para a frequência que você desejar.
JungleDisk / Amazon S3
Minha terceira escolha (dependendo das suas necessidades EXATAS) seria em backup externo para a nuvem S3 da Amazon via JungleDisk ou algum programa similar.
Na verdade, nós fazemos backup de mais de 4 milhões de arquivos do nosso mestre servidor de arquivos do Ubuntu para um servidor de arquivos escravo do Ubuntu (mesmo local) via rdiff-backup uma vez a cada hora.
Em seguida, fazemos o backup uma vez a cada 6 horas via rsync (ou Jungledisk) para a nuvem do Amazon S3.
Dessa forma, podemos lidar com as "coisas fáceis" apenas com o mestre / backup, mas se algo catastrófico acontecer, ainda teremos o backup do Amazon S3 na nuvem.
Espero que isso lhe dê algumas ideias ...