Não, se você quiser passar o tempo fazendo isso, tudo bem. Geralmente você não vai ficar muito com o tempo que você gasta fazendo isso.
Tenha em mente que a métrica de 2%, no entanto, não diz nada a você. Isso significa que apenas 2% dos arquivos estão fragmentados ou que 2% do espaço da unidade tem fragmentos de arquivo ou algo mais?
Para determinadas métricas, uma unidade fragmentada de 2% pode, na verdade, estar diminuindo sua velocidade significativamente, dependendo do seu padrão de uso.
Ainda assim, na maioria dos casos, o tempo necessário para desfragmentar é muito maior do que o tempo que você salvará após a desfragmentação.