Bem, o Ubuntu faz suporta outros formatos melhor que o NTFS mas o windows apenas lê NTFS e FAT32 ... você não tem nenhuma outra opção além de NTFS. FAT32 é uma má ideia. Você não deve conseguir copiar arquivos maiores que 4 GB na partição. O tamanho máximo do arquivo nas partições FAT32 é (2 ^ 32) -1 bytes ou um byte menos que 4GB.
Então, em suma, o NTFS é um caminho fácil: