Você pode executar vários comandos em uma linha de crontab, por exemplo,
30 5 * * * cd /path/to/working/directory && /path/to/doxygen CONFIGFILE
O & & será executado somente o segundo comando se o primeiro for concluído com sucesso.
Note que o PATH para CRON geralmente não é o mesmo que o seu PATH interativo, então usar pathnames completos para comandos é geralmente uma boa prática.