Você deve configurar os Serviços e Sites do AD. O Exchange (e muitos outros serviços) o utilizam ao decidir a qual DC se vincular. Basta ter tudo em um único site padrão para os problemas que você está enfrentando.
Para resolver seu comentário, a manipulação de pesos e prioridades de registro de DNS é a maneira errada de lidar com isso. Você deve ler a documentação dos Sites e Serviços do AD e, em seguida, definir três sites. Um para o seu site principal e um para cada ramo. Em seguida, defina os objetos de sub-rede que correspondem aos seus sites físicos e atribua-os aos objetos do site. Em seguida, configure links de site entre os sites com base na sua topologia física. Finalmente, você deve mover os DCs existentes para os sites corretos.
Isso é uma coisa bastante básica para administrar um AD que abrange vários locais. Por favor, dedique um tempo para ler atentamente a documentação e entendê-la antes de sair com os registros DNS manualmente.