Usando essa sugestão , editei /etc/init.d/atop
Como a página de manual diz "quatro semanas", ficou claro que existe este comando:
find $LOGPATH -name 'atop_*' -mtime +28 -exec rm {} \;
Assim, arquivos de 28 dias serão mantidos ...
Eu mudei para find $LOGPATH -name 'atop_*' -mtime +1 -exec rm {} \;
E executou este comando:% sudo service atop _cron
Agora os logs são apenas no máximo de ontem, é disso que eu preciso.