Como discutimos nos comentários:
Você deve executar o comando ln
usando sudo
:
sudo ln -nfs /home/deploy/foo/shared/config/nginx.conf /etc/nginx/sites-enabled/foo
Agora, se isso não for possível por causa do Capistrano 3 (que eu não sei), você precisa dar às permissões de gravação do usuário deploy
na pasta /etc/nginx/sites-enabled
.