Você não pode impedir completamente que os computadores clientes tentem se comunicar com eles "nunca", mas colocando-os em um site do AD separado (supondo que eles estejam em uma sub-rede diferente dos DCs de "produção"), você impedir que os computadores clientes tentem acessá-los, desde que pelo menos um dos DCs de "produção" permaneça ativo o tempo todo. Se todos os DC de "produção" estiverem indisponíveis, os clientes tentarão entrar em contato com um DC em outro site, possivelmente o site "confidencial".
Preemptivamente, no caso de alguém sugerir isso em outra resposta: Tentando jogar jogos com as entradas de DNS criadas pelos DCs "confidenciais" é provavelmente uma má idéia. Não duvido que exista uma maneira de manipular as entradas de DNS que os controladores de domínio registram para interromper a autenticação, mas ainda permitir a replicação, mas não posso imaginar que a Microsoft "apoiaria" esse tipo de negócio.