Algumas coisas que acontecem durante o desligamento podem causar lentidão: os dados são gravados do cache para o disco, o perfil do usuário é descarregado, os serviços são interrompidos e (opcionalmente) o arquivo da página pode ser limpo.
Destes, eu não acho que o arquivo de paginação sendo limpo causaria telas azuis, e eu definitivamente não acho que os dados sendo escritos do cache para o disco possam atrasar as coisas, exceto em situações extremas ou improváveis.
Às vezes, um serviço mal escrito se recusará a parar de forma adequada e, no caso do perfil do usuário não estar descarregando corretamente, algo em algum lugar está mantendo travas, possivelmente software AV ou outro software de terceiros.
As dicas de solução de problemas sugeridas, além das citadas acima, incluem o desligamento imediato após uma inicialização (ou seja, sem fazer logon) para verificar se o processo é mais rápido, efetuando logoff em vez de desligar para ver se há atrasos, e desativar seletivamente os serviços (mas tenha cuidado aqui) para ver se algo não-padrão é o culpado.