Sua melhor aposta seria como sugere Hennes: Crie uma cadeia para cada versão do Apache + PHP que você deseja usar . Isto tem uma série de vantagens, sendo as duas maiores isolamento (se seus sites PHP 5.2 forem hackeados, o dano está contido na Jail do PHP 5.2) e simplicidade de gerenciamento (trate as cadeias como se fossem duas instalações separadas do FreeBSD - uma executando PHP antigo, um executando o novo PHP - e você não precisa passar por nenhum aro).
Além da seção de manuais acima, talvez você queira considerar algumas das portas de gerenciamento da cadeia disponíveis. ezjail é muito bem visto e há alguns bons tutoriais sobre como usar mas existem muitos outros - pesquise jail na árvore de ports e você vai encontrá-los.
A grande desvantagem das prisões é que você estará executando um Apache discreto para cada versão do PHP que você deseja executar (o que significa, essencialmente, um endereço IP por cadeia). Se você tem apenas um IP e está fazendo uma hospedagem virtual baseada em nome, existem alguns hacks que você pode fazer (haproxy ou similar, e reencaminhamento para um back-end diferente baseado em hostnames), mas eles são todos feios à sua maneira.
A outra opção (a enorme arma de fogo a que me referi no meu comentário) é compilar o PHP como você tem feito com um PREFIX não padronizado, e depois instalar manualmente cada extensão - aprimorando seu caminho, vinculando o binário phpize ao local esperado ou fazendo uma construção manual completa.
Mantive os sistemas dessa maneira no passado (devido aos meus requisitos PHP altamente personalizados), mas nunca com várias versões. Você também precisará manter instâncias apache separadas (cada uma carregando a versão apropriada do PHP), o que não funcionará se você usar hospedagem virtual baseada em nome (semelhante a jails).
Com a abordagem não presa você também tem a opção de hackear coisas, então o Apache carrega múltiplas versões do interpretador PHP (ou roda o PHP como um CGI) que é mais amigável para hosts virtuais baseados em nome. Você só precisa tomar cuidado para configurá-lo para que a versão correta do PHP seja chamada para cada localização / tipo de arquivo. Se você estragar tudo, "Coisas estranhas" começam a acontecer (ou, se você tiver sorte, ele simplesmente quebra de forma horrível e você não passa horas depurando isso).
Dadas as duas opções Jails são uma opção muito superior - espere queimar um pouco mais de espaço em disco, mas o disco é barato e o isolamento e a facilidade de manutenção adicionados certamente valerão a pena se você não puder atualizar o código PHP 5.2 para jogar bem em uma versão mais recente.