Estou assumindo que você está usando uma das distribuições do prefeito Se eu precisasse fazer o mesmo que você eu usaria o git para tudo relacionado a arquivos de configuração (/ etc, / usr / local / etc, etc) Eu evitaria os arquivos bin da versão, a menos que você esteja compilando seus próprios pacotes.
E eu usaria o gerenciador de pacotes nativo de cada distribuição para replicar a instalação do mesmo perfil de pacote.
No caso das distribuições baseadas no Debian, isso é realmente fácil:
dpkg --get-selections | grep '[[:space:]]install$'| awk '{print $1}' > packages-installed
e depois no novo sistema:
cat packages-installed | xargs sudo apt-get install
Atenciosamente