netstat -ano
Procure a linha que está LISTENING na porta 3306 e, em seguida, verifique o PID.
Um teste mais fácil é tentar telnetar de outra máquina, para a porta 3306, ou tentar se conectar a um cliente MySQL.
Eu tenho um banco de dados MySQL em execução, ou quero ver se está funcionando. Qual comando devo usar para ver quais portas estão ativas e o que elas estão executando?
netstat -ab mostrará o nome do processo para cada porta.
Além do netstat, você pode usar uma ferramenta GUI como ActivePorts ou Process Hacker (observe a guia Rede) para mostrar as portas abertas e os executáveis que os abriram.