Concordo que o augeas é de longe a melhor resposta para o que você está tentando.
Eu também recomendaria o recurso file_line
da biblioteca de fantoches stdlib . Ele tende a ser muito mais leve que o augeas.
Você teria que definir um recurso para cada linha, e se a ordem for importante, você pode adicionar dependências entre as invocações.
Uso da amostra:
file_line { "no_ipv6_networking":
path => "/etc/sysconfig/network",
line => "NETWORKING_IPV6=no",
match => "^NETWORKING_IPV6=",
}