Se suas operações de manutenção foram realizados em um servidor executando, só posso pensar em uma "mesa nivelada" (De manual do MySQL: Fecha todas as tabelas abertas, obriga todas as tabelas em uso para serem fechadas, e libera o cache de consultas flush. TABLES também remove todos os resultados da consulta do cache de consulta).
Mas talvez eles estivessem apenas reiniciando o servidor ...
Para a parte "lento", supondo que você está executando um sistema Unix, você pode tentar usar mysql-tuning primer ou mysqltuner.pl ter alguma pista sobre o que você pode mudar em sua configuração de servidor