Uma coisa que vale a pena tentar é verificar se o seu projeto não está em um diretório do usuário (pasta public_html), ou se a configuração em php5.conf (/etc/apache2/mods-available/php5.conf para alguma configuração) permite tal interpretação.
<IfModule mod_php5.c>
<FilesMatch "\.ph(p3?|tml)$">
SetHandler application/x-httpd-php
</FilesMatch>
<FilesMatch "\.phps$">
SetHandler application/x-httpd-php-source
</FilesMatch>
# To re-enable php in user directories comment the following lines
# (from <IfModule ...> to </IfModule>.) Do NOT set it to On as it
# prevents .htaccess files from disabling it.
#<IfModule mod_userdir.c>
# <Directory /home/*/public_html>
# php_admin_value engine Off
# </Directory>
#</IfModule>
</IfModule>