Então, eu vi a mesma pergunta em 5 sites diferentes do stackexchange, e todas as respostas dizem apenas para remover a tecla de atalho, o que funciona, mas não é a raiz do problema (pelo menos não foi para mim ). O problema real é que a super chave do windows não está mapeada corretamente, como é descrito aqui:
O i3 ignora o mod4 (chave do Windows) quando está na sessão do VNC
Basicamente apenas execute estes dois comandos
xmodmap -e "clear mod4"
xmodmap -e "add Mod4 = Super_L"
Isso deve ser feito. Agora a área de trabalho só deve ser mostrada se você pressionar a tecla super (windows) também. A tecla "d" (e outras teclas com super-atalhos) agora devem funcionar como esperado.
Pode ser necessário substituir Super_L por outra coisa, dependendo do seu teclado, verifique o link acima para detalhes.