KnowledgeTree é provavelmente o melhor sistema gratuito de gerenciamento de documentos para Linux que eu conheço, mas pode ser meio que instalar. O Alfresco tem muitos recursos, mas é realmente projetado mais como um DMS empresarial do que algo a ser usado por departamentos ou pequenas empresas. O OpenKM é um recém-chegado com uma interface AJAX que venho vendo cada vez mais, mas eu não o usei pessoalmente.