Você deve ser capaz de definir uma entrada de registro para desabilitar teclas de atalho que envolvam a tecla "Windows".
Desativar para todos os usuários:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer
Desativar para o seu usuário:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Exlporer
- Talvez seja necessário adicionar a chave "Explorer" ao seu CURRENT_USER.
Adicione um novo valor DWORD (32 bits) chamado NoWinKeys
Defina o valor para "1" para desativar e "0" para ativar.