Eu faço todos os meus backups com o Rsync. Mesmo que o servidor seja o Windows (que é o meu), você pode fazer backup com um computador Linux ou até mesmo usar uma versão do Windows do Rsync.
O Rsync verificará quais arquivos foram modificados desde a última vez em que foram armazenados em backup e somente sincronizarão a diferença. Ele fará até mesmo diffs binários e só transferirá as mudanças do arquivo em vez de transferir o arquivo inteiro.
O resultado é que o Rsync é realmente útil e extremamente eficiente. A única desvantagem é que você tem que fazer seus próprios scripts para usá-lo de forma eficaz. Escrevi um artigo sobre como fazer backups diários, semanais e mensais aqui: link