É perfeitamente seguro ...
mas, quando você altera os sinalizadores de USE globais. Você também pode executar um emerge -auDN world . Isso vai ressurgir tudo o que foi construído com bandeiras diferentes do que você tem agora.
Quando isso for concluído, também é sempre uma boa ideia fazer um revdep-rebuild (de gentoolkit para garantir que as bibliotecas estejam em boa forma.
Por fim, quando tudo isso é feito, você pode, opcionalmente, fazer um emerge -pv --depclean para remover todos os pacotes que não são mais necessários.