Não, você não pode usar o AAD para armazenar informações de logon para VMs.
Se você precisar de autenticação central para VMs do Windows no Azure, faça o que faria no local. Crie um novo domínio do Active Directory usando uma ou mais VMs como controladores de domínio e junte suas outras VMs do Azure ao domínio.
Se você já tem o AD on-prem, pode estendê-lo em um site para o site VPN ou ExpressRoute, em vez de criar um novo domínio do AD. As práticas recomendadas estão aqui: link
Alternativamente, você pode sempre criar contas de usuários locais se precisar apenas de um pequeno número de logins para um pequeno número de servidores.