PS GetSid da Sysinternals mostrará se o SIDS coincide.
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Se eles corresponderem, então essa é a resposta, se eles forem diferentes, não serão mostrados se foram clonados e sysprep'd, ou alterados por outro método, ou não um clone.
OTOH, MS oferece uma avaliação gratuita de 180 dias, criar uma nova vm 2012, promovê-la e remover AD do possível clone. Se os problemas cessarem, haverá pelo menos uma solução conhecida.
[EDITAR]
Acima está incorreto, obrigado @RyanRies.
GetSID retornará o mesmo SID de conta de computador para todos os DCs em um domínio.
Em um ambiente não-clonado, 2 DC's no mesmo site: ADSIEdit listará diferentes ObjectGUID's e o ObjectSID corresponderá ao GETSID + "-% 4DiferentesDigits%".