Sim, você pode ter vários pares de chaves para um único usuário. No site remoto, coloque todas as chaves públicas no arquivo ~/.ssh/authorized_keys
dos usuários.
No site local, tenha cada chave privada em um arquivo separado e, em seguida, use o -o IdentityFile=/path/to/privatekeyfile
para especificar qual chave privada usar. Você poderia usar
sftp [email protected] ...
para usar a chave privada padrão (atual?) e
sftp -o IdentityFile=/home/user/.ssh/usernewkey [email protected] ...
para usar a nova chave.