Você tem caracteres especiais no seu URL, como ?
.
A melhor opção seria incluir o URL completo com aspas simples para que esses caracteres especiais não sejam manipulados pelo Shell:
wget 'http://api.mesowest.net/v2/stations/timeseries?token=000&start=200505010000&end=200510310000&vars=air_temp_high_24_hour,air_temp_low_24_hour,relative_humidity,sea_level_pressure&units=english&output=csv&obtime=local&STID=KPHX'
Como observação: ao tentar sua URL, encontrei uma "permissão negada".
Dependendo do seu método de autenticação, você pode ter que passar algum login:
wget --user=user --http-password=pass 'http://....'