Você instalou uma porta de 32 bits em um sistema operacional de 64 bits ou vice-versa.
Use pkg_delete para remover a versão antiga. Tente instalar via pkg_add -r logrotate
Além disso, como notou Stefan, o FreeBSD vem com o newsyslog, que é ativado por padrão (basta editar /etc/newsyslog.conf para adicionar arquivos de registro conforme necessário), e faz tudo o que 99% das pessoas precisam.
Editar:
Para configurar o newsyslog para os logs padrão do Apache, adicione um dos seguintes conjuntos ao arquivo de configuração.
Para rotações semanais de registros, mantendo o valor de 5 semanas e bzipando os arquivos antigos:
/var/log/httpd-access.log 644 5 * $W6D0 JC /var/run/httpd.pid
/var/log/httpd-error.log 644 5 * $W6D0 JC /var/run/httpd.pid
O "$ W6D0" diz para girar os logs na primeira hora do domingo de manhã. Para Daily, use $D0 . Para Mensalmente, use $M1D0 . O formato é um toque para trás para ler. Por exemplo, "$ W6D0" significa "Rodar da semana no 6º dia, do dia na 0ª hora" (a parte "D0" é tecnicamente supérflua). Isso está especificando tempos absolutos, você também pode especificar intervalos. Se você acabou de colocar "1" nesse campo, ele irá girar o log a cada 1 hora.
Para girar o arquivo quando ele atingir 5 MB:
/var/log/httpd-access.log 644 5 5000 * JC /var/run/httpd.pid
/var/log/httpd-error.log 644 5 5000 * JC /var/run/httpd.pid
O campo de tamanho do arquivo é especificado em KB. Você também pode especificar uma hora e um tamanho, caso em que acionará uma rotação quando as condições forem atendidas.
Se você tiver alguma outra necessidade específica, apenas diga, como se o Apache estivesse preso ou chrooted, ou você precisa de outro aplicativo, ou você quer os arquivos de log antigos em um local diferente ...