A PKI não possui um método para restringir as autoridades de certificação a assinar certificados apenas em determinadas áreas. Depois de confiar em uma CA, você confia incondicionalmente em tudo que ela produz. Não há confiança condicional para CAs, apenas certificados. Isso significa que, se você confiar na CA da sua empresa, também confiará em um certificado assinado pela CA da empresa para mail.google.com. É por esse motivo que os certificados de Validação Estendida estão se tornando a maior parte da raiva.
Pedir que os clientes confiem em uma CA é uma solicitação importante. Se são apenas alguns servidores que precisam confiar, é uma coisa, mas pedir a toda sua infra-estrutura para confiar nele é algo que eu diria que a maioria das empresas rejeitará.