Você deve incluir uma entrada curinga server_name para cada domínio para selecionar para qual domínio redirecionar. Caso contrário, server_names desconhecidos serão despachados para a primeira entrada (neste caso, um redirecionamento para domain1.com).
Adicione *.domain2.com
à linha com server_name www.domain2.com
e ele deverá separar os subdomínios domain2.com corretamente.