Você está usando a sintaxe para uma entrada em / etc / crontab que possui o ID do usuário na 6ª coluna, mas se você usar crontab -e , você está editando a entrada em / var / spool / crontab, que não tem essa coluna, pois elas já estão separadas por usuário.
Em outras palavras, isso é o que você colocaria em / etc / crontab:
0 1 * * * root /sbin/shutdown -r now
E isso é o que você deve inserir ao fazer um crontab -e (supondo que você seja root; caso contrário, não funcionará)
0 1 * * * /sbin/shutdown -r now
Em outras palavras, agora você está tentando executar o comando 'root', que, a meu conhecimento, não existe.