Existem vários certificados em relações de confiança SAML2 e WS-federation. Vou ignorar aqui o certificado TLS da URL https dos servidores (o ADFS chama o certificado de comunicação).
Cada parte pode ter um certificado de assinatura. As mensagens que a parte envia são assinadas com a chave privada desse certificado. As partes da SAML2 geralmente assinam solicitações e respostas. O WS-Federation passive não assina o pedido (portanto, um RP passivo não possui um). O certificado de assinatura é publicado nos metadados. Durante o rollover, pode haver dois (antigos e novos).
Cada parte pode ter um certificado de criptografia. Quando uma solicitação ou resposta é enviada a uma parte com um certificado de criptografia, a chave pública desse certificado pode ser usada para criptografar a chave de criptografia. Tornar a mensagem ilegível para todos, exceto o alvo. O certificado de criptografia é publicado nos metadados. Na maioria das vezes, apenas um certificado de criptografia é publicado nos metadados. Mas os certificados antigos são aceitos por algum tempo para tornar a rolagem perfeita.
O rollover automático do ADFS é legal. Sugiro que você o deixe assim ou substitua-o por um certificado autoassinado com validade de 10 anos. O ADFS seguirá os metadados publicados por seus parceiros se o ADFS tiver um URL para seus metadados.
Apoiando as partes do WS-Fed, leia os aplicativos Microsoft .NET (também chamados de WIF). Depende da aplicação. Os aplicativos podem publicar seus metadados, o que é bom para o administrador do ADFS, porque eles não precisam digitar muito, menos erros de comunicação etc. Win win para todos. Portanto, todo aplicativo deve publicar seus metadados. Melhor para todos. Mas para as partes confiáveis do WS-Fed passivo não haveria um certificado de assinatura. Pode haver um certificado de criptografia. O .NET tem classes para ler e gerar os metadados “por solicitação” em System.IdentityModel.Metadata. Existem várias amostras dele na Internet. Um exemplo deles está no Thinktecture IdentityServer.
Terceiros de confiança podem ler os metadados do ADFS. Havia sempre uma tarefa agendada disponível. Ele leu os metadados do ADFS e atualizou o arquivo web.config do aplicativo. Eu nunca usei isso porque tinha o efeito colateral de uma reciclagem de pool (mesmo se não houvesse nenhuma mudança) e ele destruiu o diretório com versões antigas do web.config. Se você tiver problemas para codificar um leitor ou gravador, contate-me off-line. Isso pode ser feito para qualquer aplicativo (também para o SharePoint). É uma questão de custos, fazê-lo manualmente (uma vez por ano) ou escrever código para fazê-lo automaticamente.