Sim, basicamente o que você faria é o que a Microsoft chama de link a>
Ele faz uma soma de verificação rápida e deve manter os arquivos que são os mesmos. No entanto, eu vi isso dar errado, nesse caso, certifique-se de que seus tamanhos de pasta PreExisting e ConflictedAndDeleted estejam bem grandes, já que o DFS moverá arquivos que ele não sabe como lidar aqui. link
recuperar esses arquivos é bem fácil, e a microsoft até forneceu uma ferramenta - link
É bastante seguro, especialmente com o cache que ele cria nos arquivos em conflito e excluídos.