Sim, as operações de metadados vão absolutamente matar você. A opção de montagem mais importante que posso imaginar seria noatime , o que desativa as atualizações de atime (ou "último acesso ao tempo") em todos os arquivos. Isso interromperá uma gravação de metadados para cada acesso de arquivo, o que pode reduzir pela metade sua taxa de E / S (se você ler / gravar cada arquivo uma vez) para centenas de vezes (se você escrever uma vez, ler várias). noatime também implica nodiratime , que desativa atime atualizações apenas nos diretórios. Se isso é um pouco brutal demais (você precisa de atime às vezes), então considere relatime ( mount (8) explica que é melhor do que eu posso).
Em um nível de hardware, sério considere mais memória RAM e um controlador RAID de hardware de cache não volátil. Mais RAM ajuda o kernel a armazenar mais dados, o que reduz (ou pode até mesmo eliminar) a E / S e o controlador RAID de cache NVRAM significa que seus dados estão seguros e protegidos depois de terem sido gravados em flash (o que é rápido) todo o caminho até os discos giratórios (que é slooooow). Você também pode usar SSDs, mas eles ainda são significativamente mais lentos que a NVRAM.