isso pode ser causado por várias coisas diferentes, a permissão de arquivo / diretório é uma, incompatibilidade de versão do mysql / OS ou apenas bug de pacote. é difícil dizer quais estão batendo. você pode alternativa tentar usar os pacotes diretamente do mysql download ou percona que muitas vezes são mais fáceis de instalar.
se você puder localizar este binário, tente executar o seguinte:
mysql_install_db --user = mysql --no-defaults
isso pode consertar as coisas. caso contrário, tente atualizar seu SO, limpar os pacotes mysql e instalar novamente.