O ponto a ponto é a maneira mais autoexplicativa e a maneira usual de conectar apenas dois dispositivos para que eles possam se comunicar.
O modo Loop é uma maneira de construir uma rede de canal de fibra sem usar um switch FC. É análogo a uma rede token-ring, em que cada dispositivo na rede faz parte de um anel ou loop. Eu nunca vi isso usado - as únicas redes FC de múltiplos nós com as quais trabalhei foram totalmente comutadas, que são mais flexíveis, mas mais caras.
Realisticamente, você não verá muita diferença no desempenho entre o loop e o p2p com dois dispositivos. Pessoalmente, eu ficaria com o p2p, só porque é mais simples.