Assumindo que todo o hardware do novo sistema é suportado, e o kernel que você está usando é o kernel GENERIC SMP, você deve estar bem. Nós não temos o hardware exato, como sugerido pelo @ChrisS, mas se é um hardware padrão, não é uma grande preocupação.
Eu fiz o mesmo, movendo os discos para um novo servidor e só tive que usar o console serial devido a um erro meu, onde as unidades não eram mais detectadas na mesma ordem, bagunçando o fstab.
Eu acredito que a chave é o kernel GENERIC para garantir que você inicialize. Se você fez alguma alteração no kernel, não importa o quão mínima seja, recomendo voltar ao GENERIC para ter certeza da mudança.