Se você quiser usar udisksctl , você pode usar o sinalizador --options para especificar com quais opções montar. No seu caso, o comando será udisksctl mount --block-device /dev/sda1 --options "defaults,noatime,commit=300,autodefrag" (as citações podem não ser necessárias, mas elas estão lá apenas para serem seguras).
Observe que apenas opções seguras serão passadas para o comando mount ; opções como suid e dev serão rejeitadas. (Veja também a man page para udisksctl .)
Dito isso, talvez você queira modificar o arquivo /etc/fstab para que o arquivo de 500 GB não seja considerado "importante" o suficiente para interromper a inicialização. Usar as opções nofail e / ou nobootwait pode ajudar aqui.