Suas entradas de senha hash também contêm informações de formatação.
"$id$salt$encrypted", where "$id" is the hashing algorithm used (On GNU/Linux, "$1$" stands for MD5, "$2$" is Blowfish, "$5$" is SHA-256 and "$6$" is SHA-512, crypt(3) manpage, other Unix may have different values, like NetBSD).
Se as senhas de seus usuários tiverem uma expiração baseada em tempo, elas eventualmente precisarão atualizá-las e o novo hash estará no formato escolhido. O sistema pode informar quais formatos os hashes das senhas estão por usuário, então as coisas continuarão funcionando, pois as senhas são atualizadas com o passar do tempo.
Como também diz na resposta que você faz referência:
Passwords that are updated after these modifications are made will be hased using blowfish, exising shadow passwords are not modified