Não há como organizá-los em pastas. Se você for criativo com o esquema de nomenclatura, pode se safar. O ESXi permite que as VMs tenham caracteres especiais em seus nomes, então você pode prefixar o nome com uma tag (como ... (WEB) para servidores web, ou algo assim) para que apareça em um determinado ponto da lista.
O vCenter é definitivamente o caminho a percorrer se você tiver VMs suficientes para precisar de organização.