Dando a Jodie a marca de seleção, ele / ela apontou na direção certa, mas acontece que o problema está relacionado ao fato de que os dois dispositivos qnap pertenciam a diferentes domínios do diretório ativo, e alguém tinha ido e ligado " permissões de arquivo avançadas "no site local.
Isso significava que o qnap estava gerenciando as próprias ACLs, em vez de deixar o Windows fazer isso, e quando os arquivos estavam sendo rsynced, as ACLs vinham com ele e eram bloqueadas pelo qnap remoto, mas o qnap remoto, por pertencer a um domínio de diretório ativo diferente, não tem nenhum SID correspondente.
Eu ativei as Permissões Avançadas de Arquivo no qnap remoto e disse-lhe para substituir todas as ACLs nas pastas de destino por ACLs válidas para o site remoto e agora tudo veio bem.