O MySQL pode lidar com esse tamanho sem problemas sérios (nós armazenamos mais de 100 milhões).
Qual é a taxa de crescimento dos dados? 1000 insere um minuto / hora / dia? O crescimento será constante ou os registros serão adicionados em massa (ou seja, 100.000 registros em um lote)?
Seu uso é a chave. Se você estiver fazendo consultas arbitrárias com funções agregadas (soma, etc.), o desempenho será prejudicado.
Se os dados forem relativamente estáticos e suas funções de tipo analítico estiverem ativas, procurarei um mecanismo de banco de dados orientado por coluna. Algo como InfoBright ou InfiniDB. Ambos trabalham com clientes MySQL. Se você agora sabe como usar o MySQL, você pode usá-los. Mas eles podem não funcionar para você, dependendo de como você deseja acessar e consultar seus dados.