Eu tenho drives hot swap usando o software RAID embutido no kernel Linux em muitas ocasiões. Pode ser necessário executar um comando para adicionar o novo dispositivo. Eu acredito que é possível torná-lo automático, mas nos lugares onde eu usá-lo manualmente executando o comando para adicionar a nova unidade nunca foi um problema.
Não tenho certeza absoluta de que o computador sobreviverá com tempo de inatividade zero. Isso pode depender do seu controlador de disco rígido e de como ele responde a uma falha na unidade.