Bem, a vantagem mais óbvia da clonagem em nível de arquivo é que você não perde tempo clonando blocos não utilizados. Por exemplo, um clone de uma partição 40G com 10G de dados exigirá 40G de leituras e 40G de gravações no nível do bloco, mas próximo de 10G de leituras e 10G de gravações no nível do arquivo.
Um benefício menor da clonagem em nível de arquivo, é que ela efetivamente fragmenta perfeitamente seu sistema de arquivos ao mesmo tempo, enquanto a clonagem em nível de bloco também clona a fragmentação.
A clonagem em nível de bloco é mais simples, e você não precisa se preocupar com nenhum tipo de permissão ou outros problemas, você tem 100% de certeza de que o clone será idêntico ao original, mas é possível clonar em nível de arquivo dar errado se você estragar suas configurações.