Como o DaveG menciona, você pode usar umask()
para alterar as permissões padrão de todos os arquivos criados pelo seu processo. Seu umask atual é provavelmente 0022. Se você configurá-lo para 0002, seu arquivo terá as mesmas permissões para usuário e grupo.
Você também pode modificar as permissões do arquivo que você definiu individualmente usando chmod()
Dessa forma, você pode executar apenas chmod("./file.txt", 664)
e seu arquivo com rw para usuário e grupo.
Mais informações sobre o php umask: link
Mais informações sobre php chmod: php.net/manual/en/function.chmod.php