Você pode usar o comando runas .
runas /user:Administrator "control appwiz.cpl"
Ele solicitará uma senha e, em seguida, iniciará Adicionar / Remover Programas com as credenciais do Administrador. Existem outros miniaplicativos do painel de controle que você talvez precise lançar assim também.
Você também pode segurar Shift enquanto clica com o botão direito do mouse nos applets e a maioria deles permite que você escolha "Executar como".