Para alterações de configuração, quase nunca as envio por meio de arquivos LDIF e ldapmodify chamadas, mas uso uma GUI como o Apache Directory studio, o que torna isso muito menos complicado.
No entanto, se você, de alguma forma, conseguir destruir sua configuração de forma que não possa mais se conectar via LDAP, poderá editar manualmente a árvore cn=config em um editor, já que esta é apenas uma coleção de arquivos LDIF. (geralmente) /etc/openldap/slapd.d/ . Apenas certifique-se de que slapd está parado, edite os arquivos, reinicie o slapd e você deve estar de volta (mas certifique-se de fazer um backup antecipadamente).