Você está latindo na árvore errada aqui. Você instruiu o apache a manter registros, não é capaz de fazer isso, portanto, expira como deveria.
O problema real aqui é falta de controle / teste. Antes de tocar em suas configurações de produção, teste essas alterações em um ambiente de preparação. Fazer isso trará esse tipo de problema, além de inúmeros outros.
Se você precisar modificar suas configurações diretamente no servidor de produção, faça um teste de configuração antes de recarregar a configuração. O uso de apachectl configtest
e apachectl graceful
eliminará a maioria (mas não todos) acidentes deste tipo.