No final, descobriu-se que era o ESX Host que estava mexendo com o tempo na VM. A hora do host ESX foi configurada manualmente e ficou aproximadamente 60 segundos fora do horário normal. Depois que sincronizamos o host com um servidor NTP, o problema desapareceu.
Eu ainda me pergunto como poderia uma VM que não tem ferramentas VMware instalado para puxar o tempo do host - e apenas uma VM de todos. Eu só posso imaginar que deve ser um bug do ESX3.5