Você não deve ser interfaces de firewall que são membros de uma ponte, apenas a interface de ponte em si. Uma bridge é um domínio da camada 2, enquanto o iptables é um firewall da camada 3, portanto, ele só funciona quando o host está roteando pacotes na camada 3.
No seu caso, o Shorewall deve saber apenas sobre br0 e tun+ , pois eth0 e vnet+ são membros de br0 . Se você quiser policiar o tráfego entre as VMs e a Internet, altere sua configuração para não vincular as VMs à LAN (ou seja, use eth0 de br0 ).